海关增值税抵扣申报流程是：可以通过勾选认证的方式或者去税局大厅扫描认证的方式抵扣，在填写增值税申报表的时候，在增值税申报表附表二的相应栏次填写海关进口增值税专用缴款书注明的税额抵扣销项税额。账务处理是，

借：库存商品或原材料 ，

应交税费—应交增值税（进项税额），

贷：银行存款等科目。